Разработка ОС в любом случае предполагает кодинг на уровне железа, в связи с этим, конечно же, Вам придется знать и ассемблер, и Си, и архитектуру железа, под которое ОС разрабатывается, и многое другое.

А вообще, честно говоря, странно видеть это на этом ресурсе. Ответы на этот вопрос прекрасно гуглятся.

Полагаю, действия пользователей вашей программой не логируются? Это бы решило проблему.
В вашем случае нужно смотреть в EULA и/или договор - обязаны ли вы вообще реагировать на неаргументированные запросы от пользователей?

Оператор сервиса "Погугли чужими руками" приветствует Вас!
Вот Вам ссылка на описание процесса установки PhpMyAdmin из официальной документации.

Честно говоря, не понимаю смысла затеи. Взять тот же Yii - и задача Ваша выполнена, как по мне. Гибкость - на высоте, кастомизация - проще некуда, насчет этой затеи с админкой - так ведь тоже не проблема.