Что-то мне подсказывает, что вы ищете серебряную пулю, но ее не существует.
Нет такого понятия как идеальный код, идеальный паттерн, идеальная обработка исключений и т.д.
Каждый паттерн, каждое архитектурное решение отлично подходит под какого-то круга задач, но этот круг задач всегда ограничен. Нелья написать код и сказать, что это эталон. Если все так было просто, задачу написания кода давно бы уже автоматизировали на 100%.
То, что вы ищете, может придти только с опытом и со временем.
Примеры решения конкретных проблем - ищите на stackoverflow, "красивое" оформление кода - в опенсорсных фреймворках на гитхабе (https://github.com/spring-projects/spring-framework).

if (box== null) throw new Exeption("Коробки нет на складе");
if (box.ready) throw new Exeption("Коробка уже отсканирована");

Куча if не есть хорошо. Почему бы вам просто не ввести понятие State, создать под него Enum со всеми возможными состояниями и применить шаблон, например, Strategy . Под каждое конкретное состояние объекта нужно будет написать отдельный обработчик и из метода кидать не Exception, а просто передавать управление в нужный обработчик.

Как альтернативный вариант - посмотрите фреймворки, который позволяют организовать т.н. Route, может быть вам понравится такая реализация. Если коробка есть на складе - пройти по пути 1, если коробки нет на складе - пройти по пути 2, если с коробки уже считан код - пройти по роуту 3 и т.д. Такая реализация, например, поможет наладить транзакционность из коробки.