sirs

Что-то мне подсказывает, что вы ищете серебряную пулю, но ее не существует.
Нет такого понятия как идеальный код, идеальный паттерн, идеальная обработка исключений и т.д.
Каждый паттерн, каждое архитектурное решение отлично подходит под какого-то круга задач, но этот круг задач всегда ограничен. Нелья написать код и сказать, что это эталон. Если все так было просто, задачу написания кода давно бы уже автоматизировали на 100%.
То, что вы ищете, может придти только с опытом и со временем.
Примеры решения конкретных проблем - ищите на stackoverflow, "красивое" оформление кода - в опенсорсных фреймворках на гитхабе (https://github.com/spring-projects/spring-framework).

Полезен или нет зависит от вашего проекта. Если у вас парочка сущностей и 10 методов, в которых идёт обращение к базе - тогда хибернейт вам не нужен. Если у вас большой, растущий проект, где десятки и сотни сущностей и много CRUD операций - без JPA, hibernate, spring data и т.д. вам не обойтись. Хибернейт сильно упрощает жизнь в простых вещах, но сильно усложняет в сложных. Также можно рассмотреть профит применения хибернейта как получение кэша нескольких уровней из коробки.
Посмотрите литературу в общем по ORM проблеме и JPA, без привязке к конкретной реализации, которой и является хибернейт.

П.С. А добавлять какой-то код или логику в сеттеры я бы крайне не рекомендовал. Есть набор заповедей хорошего разработчика - SOLID, первый принцип - Single responsibility - "каждый объект должен иметь одну обязанность и эта обязанность должна быть полностью инкапсулирована в класс". А в вашем случае есть какая-то модель/бин - который в полях содержит данные - это и есть его единственная обязанность, а логика по чтению-записи в базу не должна этот объект интересовать в принципе.

Начните смотреть с JPA. Потом постепенно переходите к перечисленным выше его фреймворкам-реализациям и выберите тот, который больше всего вам подходит.