Не совсем понятно, что вы имеете ввиду под словом «залить».
После добавления (создания) репозитория на гитхабе, вам нужно его склонировать, чтобы получить локальный репозиторий. В этом репозитории вы можете удалять файлы, добавлять и т.д… Для удаления файлов можно использовать git add -u или git rm. Потом надо сделать git commit и git push. Тогда изменения попадут в репозиторий гитхаба. Если я вас правильно понял.