Ситуация следующая: залил проект на github, затем на локали изменил структуру, в следствие чего, удалил некоторые файлы, опять залил на github и получилось так, что на github'е удаленные файлы остались, а на локали их нет. Так вот, придется каждый раз перед push в ручную удалять файлы (git rm) или есть какой-то способ? Вы уж извините, если вопрос тривиальный, только начинаю вникать в git.
Не совсем понятно, что вы имеете ввиду под словом «залить».
После добавления (создания) репозитория на гитхабе, вам нужно его склонировать, чтобы получить локальный репозиторий. В этом репозитории вы можете удалять файлы, добавлять и т.д… Для удаления файлов можно использовать git add -u или git rm. Потом надо сделать git commit и git push. Тогда изменения попадут в репозиторий гитхаба. Если я вас правильно понял.