Никогда так не делать
Тебе нужно запустить скрипт и отвалиться с кодом 200
Для такого рода вещей можно делать разного рода колхозные решения (запуск скрипта из крона с периодичностью 1 мин, вотчер на файловую систему) или работа с Celery
В баше типичного убунту есть переменная $USER и можно сделать переменную для текущей сессии баша
export $SITE_NAME=www.foo.bar
cd $HOME
===
cd
Изменять ./configure для nginx не обязательно - по-умолчанию он вполне ок
Делать make install не следует или следует все ставить в /opt
Как вариант мануал для сборки деб
https://serversforhackers.com/compiling-third-part...
Директория /etc/nginx/sites-enabled/ уже давно не актуальна
Используй /etc/nginx/conf.d/