nginx сам логи чистить не умеет и правильно делает. Это отрабатывает что-нибудь вроде logrotate.
UPD:
Это точно не сам nginx, он логи только пишет. Я бы для начала сделал
grep -r /etc -e nginx | grep -v ^/etc/nginx.
Если не удалось ничего найти таким образом - можно подключить тяжёлую артиллерию: поставить auditd, прописать в rules что-нибудь вроде
auditctl -a exit,always -F path =/var/log/nginx -F perm = aw
И смотреть в логах auditd всё, что работало с этой папкой. Только надо учитывать, этих логов будет очень много, на каждый syscall.
