Да, для каждого региона своя колекция. При выборе региона можно просто по ней центровать, а отображать все точки при загрузке страницы. А вообще если где-то будет 1-2 точки, то порой будет не красиво центроваться. Если есть возможность, лучше заранее определить центр для каждого города, и просто.
Если сайт хорошо продвинут в ПС, я бы не стал рисковать 1.5 недели скармливать ПС ошибки и редиректы.
Вероятно большая часть сайта потом все равно вернет позиции, но зачем рисковать. К тому же, от доступности сайта, так же зависит ранжирование.
