наверное внутри хедера у вас блоки с float left
тогда к хедеру необходимо прилепить так называемый clearfix
2 способа
1) после float блоков добавить пустой div c clear: both
2) к хедеру добавить класс clearfix и стили к нему
.clearfix:before, .clearfix:after { content: " "; display: table;}
.clearfix:after { clear: both;}
тогда блок с float-ами внутри станет нормальной высоты