1. Ничего лучше русской chm-версии справки, скачанной с docs.php.net за 7 лет так и не нашел.
3. Все зависит от вас как от разработчика. Встречал множество примеров и где куча файлов и где все в одном.
4. Мне больше всего понравился бесплатный
Komodo Edit + htmltoolkit(к нему можно еще и модули догружать из Инета), из платных Adobe Dreamweaver CS.