RewriteRule ^favicon.ico$ /icons/favicon.ico [L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/(favicon\.ico|browserconfig\.xml|robots\.txt| [NC]
RewriteRule ^.+$ /icons/%1? [L,R=301]
а /.well-known/acme-challenge/
как правило ее выносят в отдельный конфиг nginx найдите это место и положите туда файл типа 111.txt, проверьте что он открывается по урл site.ru/.well-known/acme-challenge/111.txt
Естественно разница есть. Но порой она незначительна.
99% что в твоем случае это не повлияет ни на что
но есть процент отличный от нуля что скорость упадет, это зависит от структуры запросов размера таблиц и тд и тп.
Если у тебя там не гигабайты таблицы и не по 300 джойнов, думаю что разницу ты не увидешь