Сергей Кузнецов

При клонировании в рабочий каталог распаковывается не ветка master, а текущая ветка.
Единственный способ изменить это поведение – при клонировании указать какая конкретно ветка вам нужна.
git clone --branch <branchname> <remote-repo-url>
Либо вообще ничего не распаковывать сразу. Распаковывать можно позже.
git clone --no-checkout <remote-repo-url>

Если ничего не получается, прочтите наконец инструкцию

git config --global core.editor "ваш любимый редактор"

Консольные команды вы обязаны знать и понимать что они делают, это не обсуждается. Но пользоваться лучше тем инструментом, который есть под рукой. Если среда разработки включает поддержку контроля версий, то нужно пользоваться. Это здорово ускоряет работу и позволяет визуализировать процессы. Глупо строчить команды в терминал, когда IDE позволяет то же самое сделать одним кликом мыши или вообще автоматически. Также вы не сможете одной только консолью так качественно разрешать конфликты слияния, как это позволяет тот же JetBrains. Из автономных графических клиентов безусловный лидер – SmartGit, сложные rebase делаю только в нём. Но некоторые вещи всё равно без консоли никак не сделать.

Файлы никак не могли удалиться в результате push. Вы сделали что-то ещё, что привело к этому результату. В вопросе нет никаких подробностей, так что ответа не будет.

Написано же merged. Значит как все коммиты ветки зафиксированы в репозитории.
Переключись на нужный коммит и создай на нём ветку.

Если удалил ещё не слитую ветку, то восстанови через git reflog

Все операции делаются локально на рабочем компьютере.

Эта ошибка говорит, что у вас в репозитории нет ветки master.
Возможно вы не создали файл README.md и соответственно нечего коммитить.

Нельзя отправить несуществующую ветку.
Создайте как минимум один коммит в ветке master, перед тем как отправлять её.

Нет ветки master, вот и ругается. Ветка по умолчанию на GitHub теперь называется main.

Команда git branch -vv покажет какие ветки есть локально и с какими внешними ветками связаны.
* main 0e02250 [origin/main] v.01

Надо было делать git push origin main
Либо просто git push т. е. отправить текущую ветку в связанную с ней ветку на внешнем репозитории.
В нашем случае текущая ветка main (помеченная звёздочкой)
отслеживает исходную ветку main в репозитории обозначенном как origin

Что скрывается за сокращением origin покажет команда git remote -v

origin	https://github.com/xxx/xxx.git (fetch)
origin	https://github.com/xxx/xxx.git (push)

git restore HEAD~3 -- file
Либо в IDE вызвать историю файла

И в окне истории сделать Get на нужном коммите

Пакет filter-branch сейчас заявлен устаревшим и не рекомендуется к использованию.
Пользуйтесь filter-repo – он быстрее и безопаснее.

Команда git addне добавляет файлы, она индексирует изменения в этих файлах.

Изменения в папке сами в индекс не попадут, если вы этого не попросите.
А чтобы файлы в папке не мозолили глаза в списке изменений, временно заигнорьте их
git update-index --assume-unchanged node_modules/*
и добавьте саму папку в файл игнора тоже, чтобы новые файлы не видеть.

Вы всё правильно описали, так и делается.

git fetch # подгружаем актуальные ветки
git checkout -b feature origin/feature # распаковываем ветку
# дорабатываем
git push # обновляем чужой PR

Git Credential Manager запоминает авторизацию в профиле текущего пользователя.
На другом компьютере никто не сможет увидеть ваш приватный репозиторий.
Даже другой пользователь вашего компьютера не увидит секретов.

Не надо удалять коммиты, достаточно отменить изменения, сделанные коммитом.
git revert HEAD

В самом PyCharm вы такой настройки не найдёте. Имя и мыло хранятся в конфигах гита, которые находятся как минимум в трёх местах на диске компьютера. PyCharm достаточно умён, чтобы увидеть, что вы ещё не настроили свой системный Git и выводит красивый диалог для ввода недостающих данных.
Но для редактирования извольте уже открыть терминал и ввести команды

git config --global user.name "John Smith"
git config --global user.email john@smith.com

Подправить подписи старых коммитов позволит команда
git filter-repo --mailmap my-mailmap

Посмотреть в каких коммитах был добавлен или удалён конкретный файл.
git log --oneline --name-status -- '*ignored.txt'

Невозможно "пушить коммиты"! Пушится только целиком вся локальная ветка в какую-то конкретную внешнюю ветку.

Вашу проблему видно тут

Оказывается, последние коммиты вылетели из ветки master, т.е. вот что пишут логи Version Control:
для первого коммита - In 3 branches: HEAD, master, origin/master
для большинства коммитов проекта - In 2 branches: HEAD, master
для последних - In 1 branch: HEAD.

Вы видимо ВЫШЛИ из текущей ветки и сделали checkout на произвольном коммите. Это называется состояние detached HEAD, т. е. когда на коммит указывает только HEAD. Если в таком состоянии начать создавать коммиты, то получится НОВАЯ цепочка коммитов, которая не принадлежит никакой именованной ветке. Так вы и сделали, судя по тому, что ваша IDE говорит что эти коммиты видны только в HEAD.

Как это исправить? Ответ зависит от того, что вы хотели добиться, переключившись на старое состояние проекта. Если нужно было просто отбросить более свежие правки, то надо было изначально делать reset, а не checkout. А сейчас просто сделайте так, чтобы ваша ветка указывала на текущий коммит.
Пересоздайте её локально и во внешнем репозитории.

git branch -f master
git push -f

либо в терминале git reset HEAD
Файлы не изменятся, но отменится их индексация, т. е. сделается unstage

Либо просто нажать кнопочку отмены — Rollback

Не пытайтесь как-то удалить или переименовать Git от Apple. Он защищён системой.
Правильный путь это проверить переменную PATH, чтобы папка с нашим гитом была раньше чем системная. Сами системные пути хранятся в файле /etc/paths
Легче поправить первоисточник, чем копаться в профиле bash, который может и не используется даже. В macOS давно zsh в качестве оболочки.

Итак, запустите любимый редактор от имени root и откройте файл.
Например так sudo nano /etc/path
В Monterey он выглядит так

/usr/local/bin
/usr/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin

Homebrew добавляет ссылку на Git в папку /usr/local/bin поэтому сразу работает нормальный Git. В Catalina приходилось редактировать порядок каталогов.