Сергей Кузнецов

В целом Евгений дал правильное решение и рецепт сработает. После перемещения репозитория гит скажет что вы перенесли все файлы в подпапку и придётся создать коммит с этой операцией. Но хоть вы и будете видеть старую историю коммитов, воспользоваться ей будет сложно, так как пути поменялись.

Правильней будет перед перемещением папки .git воспользоваться командой filter-repo, чтобы пересобрать заново все предыдущие коммиты так, как будто репозиторий изначально лежал в на два уровня выше.

Исходная структура папок

mysite
└── application
    ├── backend
    └── frontend
        └── .git

Подготовим старый репозиторий к перемещению

git filter-repo --to-subdirectory-filter application/frontend

Получим такую структуру

mysite
└── application
    ├── backend
    └── frontend
        ├── .git
        └── application
            └── frontend

Затем перенесём всё содержимое папки frontend в корень сайта.
И никаких дополнительных коммитов не понадобилось. Разве что останется только добавить в репозиторий остальной сайт.

Способов много

git checkout .
git restore .
git reset --hard

даже git stash даст желаемое как побочный эффект

Но все эти команды откатят только измененные файлы. Новые файлы не тронут.
Для чистки от добавленных файлов используют git clean -d -f

git init
# добавить в .gitirnore /config/db.php
git add . # загнать остальные файлы под отслеживание
git commit
git remote add origin https://github.com/..........
# на рабочем компьютере удалить db.php из репозитория
# и никогда больше добавлять такие вещи в репо
git pull origin master # влить изменения с компа
# на этом этапе скорее всего вылезут конфликты
# сможете их разрешить прямо на сервере?

Нужно не аккаунты переключать, а давать права на репозиторий. Зачем вам несколько аккаунтов? Достаточно одного.

Либо работать через SSH, тогда аккаунты не понадобятся в принципе.

Отменить pull можно так
git reset --merge ORIG_HEAD
Это делается сразу после pull

а можно ли сделать так, чтобы при git clone папка /vendor на локалку сливалась, после чего убедить git перестать ее отслеживать?

Можно. Разрешаю ))
после клонирования удали папку из репозитория

git rm -r --cached -- 'vendor/*'
git commit

Если папка упомянута в gitignore, то перестанет отслеживаться в рабочем каталоге.
Но удалится в origin/

Посмотреть все коммиты, где удалялись файлы

git log --name-status --graph --oneline --diff-filter=D --branches

Затем восстановить нужные файлы командами вида
git restore <SHA>^ -- <полное имя файла>

Большой файл видимо был добавлен в один из новых, ещё не запушенных коммитов. И затем был удалён, но остался в истории. Неважно, что сейчас в рабочем каталоге. Пушится не рабочий каталог, а ветки репозитория. Это разные сущности.

Просто склейте новые коммиты в один, это решит проблему.

git reset --soft github/master
git commit -с
git push github -all

# 1 -> 2
git rebase --onto master tmp1~2 tmp1 # пересадить два коммита ветки tmp1
git rebase --onto master tmp2~3 tmp2 # пересадить три коммита ветки tmp2
git reset HEAD~1 # обрезать ветку tmp2 на один коммит

# 1 -> 3
git rebase --onto master tmp1~3 tmp1# пересадить три коммита ветки tmp1
git switch master # вернуться в мастер
git reset tmp1~2 # и подвинуть его на шаг вперёд
git rebase --onto master tmp2~3 tmp2 # пересадить три коммита ветки tmp2

Нет, если файл уже попал в репозиторий, то он будет отслеживаться до тех пор, пока ты его оттуда не удалишь.

Игнор действует только на те файлы, которые ещё не отслеживаются. Помогает СЛУЧАЙНО не добавить файл. Но лаже игнор не запрещает принудительно загнать файл в репозиторий.

Если нужно игнорировать файлы конфигурации или секреты, то обычно делают для них шаблон и к имени файла добавляют расширение .sample например. А при реальном развёртывании на основе шаблона создают уже нормальный файл с реальными данными.

Ещё есть трюк с временным игнорированием изменений в файле, ранее уже добавленном. Но он будет работать только в локальной копии репозитория и только после ввода команды
git update-index --assume-unchanged файл

Потому что склеиваются только смежные коммиты.

Это называется mergetool.
Во нормальных GUI-клиентах инструмент слияния встроен и здорово помогает разруливать конфликты. SmartGit рекомедую, он под все операционки есть.

Решение в одну строку

# удостовериться что мы в нужной ветке
git checkout branch2 
# создать коммит с нужным состоянием 
git merge --ff $(git commit-tree -p branch2  -m "Magic commit" branch1^{tree})

Удалить предыдущую авторизацию

echo "url=https://github.com" | git credential reject

И при повторном пуше войти под другим пользователем.

Либо перейти на ssh-протокол. Это немного сложнее, но как вариант сгодится.

Используйте GitHub CLI

# create a repository interactively
gh repo create

# create a new remote repository and clone it locally
gh repo create my-project --public --clone

# create a remote repository from the current directory
gh repo create my-project --private --source=. --remote=upstream

Или GitLab CLI

# create a repository under your account using the current directory name
$ glab repo create

# create a repository under a group using the current directory name
$ glab repo create --group glab-cli

# create a repository with a specific name
$ glab repo create my-project

# create a repository for a group
$ glab repo create glab-cli/my-project

Скачивайте так же, как и любой другой файл по ссылке для скачивания на сайте.
URL вида

https://gitlab.com/"профиль"/"репозиторий"/-/raw/"ветка"/"полное имя файла"

Грубо говоря на компе [папка1], а в репе лежит [папка1, папка2]

Такого не может быть. Если вы не видите в рабочем каталоге папку, а она точно есть в ветке, значит в каталоге распакована другая ветка, либо каталог «не чист», т. е. содержит незакоммиченные правки.

Если репозиторий частный, то проще удалить глючный коммит.

git reset --hard HEAD^
git push --force

и сделать нормально новый

Вопрос «от какой ветки» бессмысленен в Git, потому что ветки создаются только от какого-то коммита.
И тут нет такого маразма, как в Mercurial, что каждый коммит намертво привязан к какой-то ветке.
Вот типичная ситуация:

A - B - C - - - - J     [master]
     \
      D - E - F - G     [branch-A]
           \
            H - - I     [branch-B]

А чтобы найти начало ветки, нужно определиться, какую другую ветку мы хотим считать родительской.
Тогда первый общий коммит находится легко, как мы видим на примере работы GitHub.

Например так

diff -u <(git rev-list --first-parent child_branch) <(git rev-list --first-parent parent_branch) | sed -ne 's/^ //p' | head -1

git pull разве должна что-то откатывать?
Чтобы вернуться к старому состоянию, не нужно ничего скачивать. Git хранит всю историю локально.
Если не нужна работа проделанная после последней отправки, то достаточно переместить указатель ветки на тот момент
git reset --hard example/ветка
Если коммитов после вчера ещё не было, отменить изменения файлов ещё проще. Способов много.

git reset --hard
git checkout '*'
git restore '*'

Это отменит только изменения уже закоммиченных ранее файлов. Новые файлы можно удалить через
git clean -d -f

А что мешает один локальный репозиторий синхронизировать с несколькими внешними?

git remote add server1 <URL>
git remote add server2 <URL>
git fetch server1
git merge server1\main
git push server1 <локальная_ветка>:<внешняя_ветка>

Как угодно можно обмениваться коммитами.