Если вы хотите вернуть файлы в то состояние, в котором они были в момент последней индексации, то выполните вот такую команду
git restore :/
Фраза You are on a branch yet to be born означает буквально то, что репозиторий совершенно пустой. Вы не сделали ещё ни одного коммита и нет ни одной ветки, поэтому команда checkout бессмысленна. Надо было после индексации git add .
сразу всё и закоммитить первым делом.