Документация у
git'a прекрасная, там все понятно и на русском.
Вкратце: открываете файлы, где конфликт, ищите комментарии самого гита - выбираете, что оставить, что удалить в своем коде. Удаляете ненужное, вместе с комментами самого гита. Делаете в конце концов еще один коммит.