Правильно ли я понимаю, что в момент создания у меня на выходе должен получиться один файл
Нет, файлов будет столько же, сколько классов.
полноценный и самостоятельный
А кроме классов приложения, нужны будут ещё и классы зависимостей.
У меня вверху проекта написано
package com.company;
Я хочу запустить с диска C://Main.class
Почему не запускается мой Main.class?
Во-первых, java принимает не имя файла, а имя класса. Во-вторых, структура каталогов в classpath должна повторять структуру пакетов. То есть Main.class должен лежать C:\com\company, а команда на запуск должна выглядеть так
java -cp . com.company.Main
Чтобы получить один файл, который можно запускать из разных мест, нужно
собрать jar.