Добро пожаловать в JAR Hell! Две какие-то зависимости вашей программы имеют транзитивные зависимости использующие один класс. Вам остаётся только выяснить какие именно и добавить в сценарий сборки
compile('com.example:bad-dependency:1.0') {
exclude group: 'commons-io', name: 'commons-io'
}