Публикую то, что попробовал и то, что не подошло. Если где не прав, то поправьте меня.
Duplicati — Предназначена именно для задач резервного копирования, а не синхронизации.
Create Synchronicity — Позволяет синхронизировать две папки 2-way, причем синхронизация не полная (удаление файлов только в одну сторону работает).
iFolder — Продукт от Novell. Требует установленного в сети сервера iFolder, тогда можно уже работать с клиентскими приложениями.
CrashPlan — Продукт произвел приятное впечатление. Видно что продукт зрелый. Но как-то у меня с ним не срослось (не захотел синхронизировать файлы между компьютерами, повиснув на waiting for connection). Вероятно потом к нему еще вернусь, т.к. понравился.
Центр синхронизации windows 7 — Как-то странно себя ведет. На папке отображает, что доступно всегда, а в логе ошибки синхронизации.
Cubby — В целом очень поохоже на Windows Live Mesh. Плюсы приятный интерфейс, минусы некоторая сыроватость и те же, что у live mesh.
Dropbox — Не позволяет синхронизировать произвольные папки.
Wuala — то же самое, что и дропбокс, как я понял. Только на Java и окно как у полноценного приложения, с кучей опций и настроек, я даже как-то растерялся и запутался сначала.
В общем ничего из этого не подходит. Склоняюсь уже к тому чтобы сделать это все скриптами и robocopy (придется правда тогда либо шарить папки, либо синхронизировать через сетевой диск).
Еще раз опишу задачу.
Надо синхронизировать содержимое допустим одной папки или вообще один файл между двумя, а возможно и тремя компами (не расшаривая при этом файлы или папки на компах) и еще синхронизировать такое же содержимое на сетевом диске.