Программа неверная.
Сделай ещё один цикл внутри этого, главного.
for (int i = 2; i <= 100; i++) {
bool isPrime = i > 2;
for (int j = 2; j < i; j++) {
if(i % j == 0){ isPrime = false;
break;}
}
if(isPrime)
System.out.println(i);
}
Код неоптимальный, О(n^2), но тебе сойдёт