Вы бы скрины проблем сделали, чтоб было понятно.
По поводу меню, у меня ничего не вылезает, но конечно, задавать фиксированные рамзеры в пикселях, это не есть хорошо. Тем более вы флексбокс юзаете.
Зачем макс.ширину ограничиваете, тоже не ясно.
Масонри, при изменение размеров окна, можно обновить
reloadItems вроде именно за это отвечает. В вашем случае, можно вообще обойтись чистым CSS —
columns: 3 300px;
