Вообще лучше делать шаблон HTML+CSS+JS(Jquery), т.к. программист(интегратор) зачастую не верстальщик.
Интегрировать шаблон легче, чем верстать и интегрировать одновременно.
Сам раньше часто так делал, но удобнее все же разделять
Плюс верстку удобно показывать клиенту, если ему что-то не понравилось, не трудно переделать. А вот готовый сайт переделывать уже сложнее будет.
Бывает люди сразу делают сайт на движке, без дизайна, шаблона и прочего) потом все в кашу выливается.