Защитите SSH, FTP, чтобы доступ был только с нужных IP, сложные пароли, настроить блокировки от ддосеров (fail2ban).
С безопасностью как и на всем никсах нормально, но дыры всегда находятся.
Но ВПС чаще всего ломают через ошибки в самих сайтах, cms и движках. Скачали какойнить плагин для сайта, а в нем дыра вас могут заразить.
Многда стоит айболитом проходить по сайтам или шелфиндером
