Вопрос немного некорректен. Есть отдельно оптимизация mysql, отдельно apache ( который в связке например с php) , отдельно php. Вот по всему этому есть отдельные книги.
Но я бы порекомендовал снести индейца, поставить nginx, поставить php-fpm, поставить redis. Прикрутить redis к php, а php-fpm к nginx. Настроить nginx, mysql, php-fpm по отдельности и кешировать результаты работы mysql и php через редис.
Ну и посмотреть на яву, питон и прочие альтернативы, вдруг понравится :-)