Saboteur

А что с лимитами в mysqld?

net_read_timeout = ???
net_write_timeout = ???

max_allowed_packet= ???
bulk_insert_buffer_size= ???

В нормальной системе, и файл и база размером в 1000-5000 строк после первого чтения будет висеть в кеше оперативки, и доступ будет примерно одинаковый.

Вот уже в зависимости от сложности запроса, может быть разница в том, как долго обрабатывать запрос.
При этом при работе с базой, которая крутится отдельным процессом и скорее всего запрос в нее будет выполняться на другом ядре, может дать прирост производительности. А может и не дать.

В общем в вашем случае нет смысла заниматься преждевременной оптимизацией. Либо делаете как удобно, либо пишете нагрузочный тест, и меряете на конкретном примере.

А почему бы при нажатии на кнопку не создавать транзакцию, а делать запись в отдельную таблицу с задачей?

А на бэкенде просто в цикле или триггером проверять наличие записей в этой таблице, и выполнять транзакции по очереди?

Ну то есть собсвтенно организовать очередь

50 тысяч строк это вообще не проблема.
Если состояние каждого уровня хранить как байт, то это всего 50 кбайт.
Даже если хранить как строки, с учетом накладных расходов mysql, займет ну пару мегабайт.
На данном этапе можно вообще не париться.

Инвентарь - тоже, каждый предмет в отдельной строке с указанием владельца и места, и всех параметров предмета.

Базы данных были для того и созданы, что подобного уровня объемы это мелочи.

1) разные пользователи одновременно обращаются к разным php-скриптам на nginx или apache сервере?

Не очень понятен вопрос. Каким образом разные пользователи обращаются к разным php скриптам ?
Пользователи обращаются к веб серверу (apache/nginx), и к скриптам (с точки зрения скрипта) обращается только один пользователь, от имени которого запущен собственно apache/nginx.
Как работает многозадачность в apache/nginx можно читать спецификации. Но парралельная обработка одного и того же скрипта не проблема.

2) а если одновременно и к одному скрипту?

Тоже самое

3) несколько пользователей по средством скрипта одновременно запросили данные из БД (MySQL), например, для рендера динамической страницы (и если эта самая страница не закеширована не сервере)?

Опять таки, запрос идет от одного пользователя, от имени которого запущен веб-сервер, который запускает php скрипт, который делает запрос. Нормальная база данных написана так, чтобы обрабатывать много парралельных запросов. Поэтому подобный вопрос имеет смысл поднимать только для очень нагруженных серверов, когда скорости не хватает, и нужно идти в оптимизацию/кластеризацию.

4) нужно одновременно записать в одну таблицу (MySQL) данные от нескольких пользователей? Например, они одновременно отправили комментарий?

Mysql обработает запросы по очереди, в порядке их поступления. Именно потому, что в базу пишут не разные скрипты одновременно, а сам сервер базы - параллельные запросы он поставит в очередь и выполнит.

Ну а в случае с VPS хостингом, сколько запросов может обрабатывать БД в секунду, и от чего это зависит?

Зависит от разных вещей. Например сколько ваш сайт делает обращений в базу на каждую активность пользователей, используется ли кеширование, насколько тяжелые запросы.
Ну а так - вы когда VPS заказываете, характеристики видно - сколько ядер, сколько оперативки, какая дисковая система используется (ssd?)

P.S. Обычно, среднестатистический VPS не слабее shared хостинга.

В одинарных кавычках можно передавать символы как есть
В двойных - некоторые сохраняют специальное значение ($, \)
бэкслеш экранирует один следующий символ, если это спецсимвол.

Вы не привели примера строки, которая у вас не работает, но на самом деле там несложно.
Можно выносить в отдельный файл, можно делать перенаправление через <