Ускорить работу с дисковой системой можно, если у тебя в дампе множество инсертов.
Подели их на куски и оберни скажем каждые тысячу инсертов транзакцией:
START TRANSACTION;
INSERT ...
INSERT ...
...
COMMIT;
Отключи проверку уникальности ключей перед восстановлением
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
SET UNIQUE_CHECKS = 0;
после включи ее назад
SET UNIQUE_CHECKS = 1;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;
Это то, что навскидку.
А так - сам mysql достаточно хорошо оптимизирован и под Линукс и под Виндовс. Думаю у тебя все же винда и линукс имеют либо разные спецификации железа либо настройки самой mysql..