Файл — это последовательность байт
если у вас
[common]
a=4
b=6345312
c=dsfgsdgfpoe
и вы хотите поменять a=4 на а=100
то записав это в файл вы получите
[common]
a=100=6345312
c=dsfgsdgfpoe
отсюда вывод, что бы вы не делали с файлом, вам его надо перезаписывать полностью во избежание таких вещей
у меня вопрос: в чём проблема перезаписи всего файла?