Как такого мануала я не находил. Много материала есть по поводу "как работать с этим контролом", "как делать навигацию со страницы на страницу" и т.п., но касательно приложений в целом - пожалуй пару статей на codeproject.com можно найти.
Я сам начинал разработку на Windows Phone со знанием WPF :)
Если есть какие-то конкретные вопросы, Вы можете задать их мне на почту (см. профиль).
Создали класс, который содержит сервисы, ViewModel и т.д. Объект в Bootstrapper'е.
Для многих сервисов используется Lazy, чтобы сразу не создавались. Некоторые классы создаются посредством Func. Зависимости передаются там же. ViewModel получается там же. В комментарии шибко много не распишешь )
Полученное решение позволило значительно сократить время первого "холодного" пуска на Windows Phone.