Почему так происходит не подскажу (но с удовольствием буду следить за ответами в сабдже).
Подскажу как я решил точно такую же проблему.
Проблема была в том, что я всегда брал последнюю версию с github и постоянно получал неработающую авторизацию.
Поставил 4.2.13.3 - все прекрасно заработало.
У меня было очень похожое, долго не мог понять в чем причина.
Выяснил: в Хроме какое-то SEO-расширение (не помню название) самостоятельно дергало каждую запрашиваемую страницу. Ну и счетчик, соответственно, тоже удваивался.
Вышеуказанные способы работают, да. Но для себя открыл более удобный способ установки ZS 5.5 в Win7:
1. Включаем в Windows классический интерфейс
2. Устанавливаем Zend Studio 5.5
3. Ынджой