Проведи исследование, что бы ответить на вопрос - являются ли вот эти срезы свободными по координатам относительно исходного изображения или они выровнены по сетке с каким то смещением, для этого достаточно вручную совместить картинки прямо по скрину в редакторе, записывая координаты для нескольких примеров и смотреть на сколько пикселов они отличаются.
Если выравнивание по сетке, то возможно вместо тяжелых алгоритмов работы с матрицами (в смысле изучать что то там, настраивать окружение) можно простым перебором.
Работаешь с монохромными версиями изображений (т.е. цвета должны быть фон и не фон) -
inRange. Берешь исходное изображение отпечатка, делишь его на все возможные слайсы по сетке, и для каждого копируешь в битмап в памяти, делаешь к нему xor (
bitwise_xor), если изображения совпадают - результат будет 0 на всем изображении, иначе будет смесь из двух картинок. xor умеет делать любая библиотека работы с изображениями, эффективно, если сетка там широкая, у тебя будут считанные сотни проверок, меньше секунды думать.