Абсолютной защиты получить пока невозможно.
Корень проблемы кроется в загрузчике, если его можно подменить, значит можно вытянуть все остальное, через пароли к шифрованным разделам.
Вторая проблема - возможность хостера получить содержимое оперативной памяти на любой момент времени (почти штатная фича виртуальных машин).
На практике можно сделать задачу кражи данных на столько дорогой, что заниматься ею массово (т.е. на автомате для всех клиентов) не будут, пока вы действительно не заинтересуете.
Решение кроется в создании нестандартного загрузчика, задача которого проконтролировать окружение (через анализ производительности и содержимого оперативной памяти) чтобы защититься от подмены и дать возможность ввести удаленно пароль шифрования разделов.
Стоимость получения доступа к оперативной памяти можно значительно увеличить, если брать чистое железо а не виртуальную машину, а чтобы еще более усложнить жизнь вору-хостеру, запускать на ней свой гипервизор и свои виртуалки (каскадная виртуализация сильно ограничена в типовых кнфигурациях, но само собой не невозможна).
Само собой, софт (операционная система) должна быть полностью подконтрольная пользователю (никаких утилит от хостера, никаких готовых предустановленных образов и т.п.), все, начиная с загрузчика и ядра ос должны быть ваши (или хотя бы публично надежные, т.е. официальные, но тут уже вопрос что и от кого именно защищаешь данные). Не стоит упоминать что кроме open source linux вариантов не густо, при этом в худшем случае это может быть собственная сборка из исходников (на основе какой-нибудь gentoo)
Привожу пример простого и дешевого решения для обывателя - любой хостинг, хоть lxc/openvz, (т.е. дающий абсолютный контроль над файлами хостеру), и запуск внутри виртуальной машины, например на основе user mode linux, это буквально ядро linux в виде бинарника (не требует ничего, ни модулей ядра ни поддержки виртуализации, и при этом не замедляет работу), в который можно зашить команды запуска (откуда взять загрузчик, где лежит образ диска, параметры шифрования и т.п.), пароль вводится в консоли ssh загрузчика (initramfs гостевой машины). Все запускаемые бинарники должны размещаться не на сервере а подгружаться с надежного клиента, управляющего запуском. Еще, для kvm были патчи онлайн шифрования оперативной памяти, да ценой очень низкой скорости, но стоимость взлома такой машины становится запредельной.
--------------------------------------------------------------
Правильный способ, дающий очень высокие гарантии - для ввода пароля в датацентр для включения машины катается специальный надежный человек, который носит с собой часть оборудования (консоль и диск с загрузчиком) и проводит минимальный визуальный контроль чтобы отследить вскрытие и замену железа (пломбы, сейфы и системы независимого онлайн мониторинга доступа, т.е. буквально вебкамеры и датчики вскрытия со своим каналом в интернет и источником питания), само собой серверное железо тут должно быть не от хостера а от клиента.
И такие услуги датацентры предоставляют.
p.s. подобные действия нужны не для всех серверов, а только для серверов приложений, а к примеру nas могут хранить уже зашифрованные данные, никаких особых требований для них не нужно