блочное шифрование - решение только вокруг типового backup format restore, т.е. необходимо место куда перенести бакап уже установленной системы
как вариант, если данных много (меньше половины размера диска, т.е. есть свободное место) и ну очень надо, то поэтапно, уменьшаешь размер раздела, на освободившееся место переносишь бакап, шифруешь первую часть, возвращаешь бакап назад, расширяешь раздел или создаешь второй шифрованный
p.s. все зависит от чего защищаешься шифрованием, если к машине (железу) нет незаметного доступа злоумышленником, и требуется защититься просто от копирования, то шифрование домашней директории (точнее там где хранишь файлы) более чем достаточно