Это корпоративный аккаунт. Они вроде как жестко привязаны: аккаунт/почта. Когда логинюсь на внутренние сайты/приложухи иногда ввожу почту, иногда Sign in as a current user.понятно что майкрософт знает что вы это вы, но вы же использовали консольный git (mingw или cygwin) который не передал информации об этом в майкрософт, у меня есть теория что есть мизерный шанс что где то в дебрях настройки gitgui есть возможность использовать майкрософтовскую аунтетификацию github, но вы пользовались именно git, оно про майкрософт ничего не знает.
Еще вариант - примеру вы установили антивирус касперского/drweb/любой другой троян от преступников у власти в РФ на свою машину, и в этом случае уже они могут вести подмену сертификатов, данных и прочего (скорее всего в таких мелочах они не заморачиваются.. пока, но кто знает).
За надежность доставки файла, и что он не изменен, отвечает протокол https, обойти его без наличия доступа к вашей машине проблематично .