Руслан

Не надо так делать. Для аякса у ВП есть специальные штуки, делается так(упрощенно), в functions.php:

add_action('wp_ajax_sendmail', 'sendmail_callback');
add_action('wp_ajax_nopriv_sendmail', 'sendmail_callback');
function sendmail_callback() {
  $data = $_POST; //тут у нас все данные отправленные js скриптом
  //отсылаем почту, создаем запись и т.д.
}

В js(jquery):

var data = {
  action: 'sendmail',
  //mail, имя или другие поля к примеру 
  mail: jQuery("#mail").val()
};
jQuery.post('/wp-admin/admin-ajax.php', data, function(response) {
//получаем ответ, делаем что надо или выводим ошибку
}, "json");

Если возвращает 0, то попробуйте установить $wp_error в true, т.е. echo wp_insert_post($source, true); и посмотреть какую ошибку возвращает.

Давайте сперва разберемся почему так происходит :-)

К примеру у вас есть запись в projects c id == 123, а также запись в colors c id == 124
Вы добавляете правило с рег. выражением ([0-9]+)?$ и хотите чтобы по такой ссылке WP вам выдал запись с projects, а потом добавляете еще одно правило с таким же рег. выражением, но уже хотите выдачу записи с colors, вопрос: откуда WP узнает что это разные типы записей? Ответ: никак, так как рег. выражение одинаковое, то WP перезапишет предыдущее правило последним.

Отсюда вывод, вам нужно изменить ссылки на записи так чтобы рег. выражения в правилах отличались, к примеру p123 и c124 или project-123 и color-124 или что-то типа того.

ВП в растерянности, два цикла какой же из них использовать для вывода навигации =)
а что в the_posts_pagination() черт его знает
никогда не используйте query_posts, если на странице больше чем один цикл вывода записей, используйте WP_Query типа:

$video_query = new WP_Query();
$args = array(
    'showposts' => 10,
    'cat' => 1
);
$video_query->query($args);
if ( $video_query->have_posts() ) :
//... etc ...

и выводить постраничную навигацию в таком случае это вообще глупость

Лучше делайте light и pro версии, в light основной функционал - бесплатен, в pro плюшки - платный

Нельзя просто взять и запустить типа wordpress/wp-includes/my_script.php )
Или делаете плагин, в нем создаете свою страницу(add_plugins_page) и в ней выводите что хотите, или в functions.php пишите код, а далее опять же или add_options_page или просто страницу на фронтенде и задаете ей свой шаблон в котором делаете что хотите.

wordpress.org/plugins/wp-filebase
www.wpdownloadmanager.com
не подходит?

Лучше custom posts+advanced custom fields+posts2posts, тогда и страну можно как custom posts и вообще всю такого типа информацию отдельно и потом связывать.

wp_schedule_event не настоящий cron: "The action will trigger when someone visits your WordPress site"("Действие запускается когда кто-то посещает ваш сайт")

к wp_schedule_event можно создавать свои интервалы.

я бы сделал наверное так:
1. получил бы файл, сохранил его, записал в базу путь и данные с какого элемента и кол-во элементов нужно спарсить, запустить wp_schedule_event к примеру через 5 минут.
2. по wp_schedule_event через 5 минут распарсил кол-во заданных элементов, добавил записи, обновил запись в базе - стартовую позицию, wp_schedule_event через 5 мин. и т.д.

но, тут нужен настоящий крон я так думаю, с псевдо кроном ВП 100% гарантии запуска события нет.