Мне кажется, что основной вопрос не в том как передать файл на сервер bitrix (я бы выбрал третий вариант, как самый простой), а в том как загрузить переданный XML в базу bitrix. Насколько я помню bitrix для импорта понимает два формата, CommerceML и CSV. TradeX может выгружать данные в одном из этих форматов? Если нет, то придется написать конвертер из XML который переделает TradeX XML в CommerceML или CSV или модуль для bitrix который позволит импортировать данные из XML TradeX.

Лучше делать это через DOM

$dom = new DOMDocument;
$dom->loadHTML($html);
$tables = $dom->getElementsByTagName('table');
 
foreach ($tables as $table) {
    // меняем что хотим 
}

<?php

include 'simple_html_dom.php';

$doc = str_get_html('<div class="blok">
   <div>Здесь текст</div>
   <div>Здесь текст</div>
   <div>Здесь текст</div>
   <div>Здесь текст</div>
</div>');

foreach ($doc->find('div.blok > div') as $div) {
    echo $div->plaintext."\n";
}

Как-то так.

Немного смущает цель " интересно реализовать систему". Система должна соответствовать требованиям компании заказчика. У них уже есть понятие о том как должна выглядеть их KPI система в жизни? Идеальный вариант когда KPI уже работает в компании, но все делается на бумаге/в excel и нужно просто автоматизировать этот процесс. С технической точки зрения web-приложение кажется идеальным вариантом. Проще с распространением и можно интегрировать в корпоративный портал, если он есть. Конечно с личным кабинетом и разграничением доступа т.к. каждый должен видеть и править только свою часть KPI. Так же, если есть Active Directory в компании, нужно подумать об интегрированной аутентификации, чтобы не плодить логины/пароли у пользователей и снизить вероятность использования чужих логинов. Посмотреть на готовую реализацию можно, например, вот здесь https://www.simplekpi.com/