Комплексная автоматизация выйдет несколько дороже, чтобы сказать точно нужно количество пользователей. Плюс ее в том что все работают в одной базе, а значит не нужен обмен между бухгалтерией и торговлей. Если это не принципиально, то я бы ориентировался на цену.