Так как кнопка "показать меню" находиться в самом .container, надо ловить в нем клик, исключать само меню и кнопку и проверять переменную menu:
$('.container').click(function(event) {
$target = $(event.target);
if (!$target.closest($('.navbar')).length && !$target.closest($('.menu-toggle')).length && menu == 'open') {
$('.navbar').css('-webkit-transform', 'translate(-100%, 0)');
$('.container').css('-webkit-transform', 'translate(0, 0)');
$('.container').removeClass('inner');
menu = "close";
}
});