Это же элементарно, обращаешься к нужному элементу списка при помощи индексации.
В файл при помощи цикла ты записывал индексы! Можно обойтись и без цикла, преобразовав список в строку.
Также учти файл у тебя каждый раз будет перезаписываться, а не изменяться добавлениями.
login = input('Логин: ')
password = input('Пароль: ')
li = [login, password]
f = open('text.txt', 'w')
f.write(str(li))
print("Login: {} Password: {}".format(li[0], li[1]))
f.close()