файл - запись некоторых данных на носителе.
первые файлы занимали весь объем носителя.
потом появились системы записи нескольких файлов в виде структурированной файловой системы.
первые фс не содержали директории в принципе, было несколько именованных областей на носителе.
И только потом, с увеличением объема носителя и увеличения числа файлов, появилась система организации файлов в виде директорий.
W: Файловая система, Иерархия каталогов