Если правильно понял то лучше хранить сие добро на файловой системе с снапшотами btrfs, zfs и т.д.
вместо архива делать снапшот, он происходит мгновенно.
и потом из снапшота уже не торопясь тарить файлы.
после чего удалять снапшот.
или в виде снапшотов хранить, но с увеливением числа снапшотов фс начинает подтормаживать.
плюс появляется возможность диф-архивов с только измененными файлами (но это уже в строну бекапов).