В институте на лабах для аналоговой симуляции использовал Orcad Capture и Microcap. Первый считается чуть ли не самым достоверным инструментом для моделированияю. Приготовьтесь, что придётся серьёзно вникать в различные параметры полупроводниковых приборов.
Если у Вас это разовый проект, то может быть не имеет смысл ковыряться в моделях, всё равно теория и практика не совпадёт с первого раза, и хочешь-не хочешь придётся отлаживаться на железе. Если будете этим заниматься, сперва ставьте подстроечные пассивные элементы переменного номинала.
Насчёт Proteus и аналоговой симуляции сомневаюсь.
