поставьте панель управления в них обычно есть такая возможность, в целом хорошо бы все разделить в контейнеры и их мониторить, в разрезе одного вебсервера это обычно делается каким нибудь модулем окторый умеет собирать стату по нагрузке по доменам
какая то фигня
сертификаты выдаются на 1 2 3 года и всегда изместна дата истечения сертификата, херакните эти даты в повторяемые события в календарь и не мучайте заббикс