Если хотите готовое решение и нет возможности запускать свой сервер мониторинга:
www.zabber.ru
Либо, локально запустить, например, munin.
Или ваш вопрос в том, как мониторить потребление ресурсов именно конкретным сайтом, а не всем сервером вцелом?
Я вижу такое решение: каждый сайт запускается внутри своего LXC контейнера, после чего мы мониторим нагрузку на систему каждым из этих контейнеров посредством Zabbix. Наверно кто-то предложит вариант проще и грамотнее.