Это можно мониторить заббиксом, есть правда некоторые предварительные вещи которые должны быть:
1 незнаю у вас там apache или nginx, но чтобы правильно мониторить php процессы каждого сайта должны запускаться от своего пользователя чтобы их было удобней мониторить.
2 в apache есть mod_status думаю в nginx должно быть чтото подобное для мониторинга занятости веб сервера.
Теперь в заббиксе можно мониторить нагрузку от пхп разных сайтов(мониторить потребляемые ресурсы каждого пользователя), и собирать статистику с веб сервера.
Вероятно что сайты используют какуюто базу данных и могут давать лоад на сервер через запросы к ней, поэтому ее тоже нужно мониторить.