Возможно я сильно не прав, но вполне можно обстрагироваться от этих понятий, и считать что там хранится два столбца с целыми числами и индекс сделать полностью покрывающий не получается не из за них, а из за group by и order by.
Про использован и не использован просто опечатка программиста, не более того.
id select_type table type possible_keys key key_len ref rows Extra
1 SIMPLE Ad index_merge category_id,category,city_id,citycategory,forcateg… category_id,forcategory 5,19 NULL 2538 Using intersect(category_id,forcategory); Using wh…