Используйте лвм там есть снапшоты. Длительность и нагрузка бекапа никак не должна влиять на крах файловой системы, тут видимо вам надо проверить что то другое, например диски и вообще посмотреть откуда корни этой проблемы.
Ну и надо понимать что бекап у вас будет не особо консистентный особенно если есть бд