По моему скромному мнению там ничего и не должно сломаться. Но если очень хочется есть механизм для того, чтобы не обновлять определенные пакеты.
dpkg
echo "%package-name% hold" | sudo dpkg --set-selections
echo "%package-name% install" | sudo dpkg --set-selections
dpkg --get-selections | grep %package-name%
apt
sudo apt-mark hold %package-name%
sudo apt-mark unhold %package-name%
aptitude
sudo aptitude hold %package-name%
sudo aptitude unhold %package-name%