Вы не там ищете причину — хромиум можно было и не сносить. Пресловутый «вирус» попал только в настройки chromium в вашей учётке: ~/.config/cromium, если данный каталог удалить то браузер обнулится и настроится по умолчанию.

флешки сыпятся очень активно

Значит система для твердотела собрана неправильно: часто создает всякие промежуточные файлы. Для флешки нужно обрезать все логирование, а tmp и var монтировать в память… либо весь корень монтировать на ramdisk

Собрать один раз какую-нить gentoo не выйдет — клиенты все разные и отличаются железом крайне сильно.

Насколько сильно отличаются?.. одни на i386, другие на sparc, третьи на arm? Если они все поддерживают i386(80386- последние 32 битные пентиумы) архитектуру(в том числе 64 битные в режиме эмуляции), то можно сделать универсальную сборку — на все случаи жизни.

Кто чем пользуется?

используем универсальную сборку на ArchLinux(i686 архитектура — работает все начиная со 2-х пентиумов), загрузка по сети(tftp), на местах в основном бездисковые станции, там где BIOS не поддерживает PXE загрузчик(старые материнские карты) — загружаем с флешки(используя, в принципе, тот же образ, что и для бездисковой загрузки), с 2009 года сменили только одну флешку… вчера.

Проходил курсы по RHCE здесь.
Отличные курсы + практический экзамен — а не дурацкие тесты.

Из софта можно посмотреть на::
SUMO — симулятор городского трафика, достаточно развитая платформа с кучей проектов созданных на её основе
и
VanetMobiSim — тоже симулятор трафика

Из коммерческих можно посмотреть на проекты от AnyLogic

В вопросе слишком много нюансов:

чтобы смоделировать биологический организм программным путем и проводить над ним

то есть это многоклеточный организм?

Мне нужно построить приложение, которое из одной клетки, путем деления, выращивает миллионы самостоятельных клеток

но тогда клетки этого организма не могут быть самостоятельными(они дифференцированы в ткани и органы) и деление строго регулируется гуморальной системой организма — иначе это раковая опухоль.