oldbay

В каждом конкретном случае — есть свой инструмент
У редхатоидов пакеты собираются утилитой rpmbuild используя spec файл как сценарий сборки
У ArchLinux — makepkg, используя в качестве сценария PKGBUILD файл
У Gentoo — emerge, использует в качестве сценария ebuild

Есть и якобы «универсальные» инструменты — что то типа checkinstall или сизифа из Alt Linux = но их универсальность спотыкается на создании более-менее сложных пакетов(особенно начиненных инсталляционными скриптами) — поэтому лучше использовать стандартные для дистрибутива средства сборки.

Проходил курсы по RHCE здесь.
Отличные курсы + практический экзамен — а не дурацкие тесты.

На ArchLinux есть в официальных репах

$ pacman -Ss cuda
community/cuda-sdk 4.2.9-1 [установлен]
NVIDIA's GPU programming sdk
community/cuda-toolkit 4.2.9-1 [установлен]
NVIDIA's GPU programming toolkit
community/python2-pycuda 2011.2.2-1
Python wrapper for Nvidia CUDA

раньше только из AUR собирал.

флешки сыпятся очень активно

Значит система для твердотела собрана неправильно: часто создает всякие промежуточные файлы. Для флешки нужно обрезать все логирование, а tmp и var монтировать в память… либо весь корень монтировать на ramdisk

Собрать один раз какую-нить gentoo не выйдет — клиенты все разные и отличаются железом крайне сильно.

Насколько сильно отличаются?.. одни на i386, другие на sparc, третьи на arm? Если они все поддерживают i386(80386- последние 32 битные пентиумы) архитектуру(в том числе 64 битные в режиме эмуляции), то можно сделать универсальную сборку — на все случаи жизни.

Кто чем пользуется?

используем универсальную сборку на ArchLinux(i686 архитектура — работает все начиная со 2-х пентиумов), загрузка по сети(tftp), на местах в основном бездисковые станции, там где BIOS не поддерживает PXE загрузчик(старые материнские карты) — загружаем с флешки(используя, в принципе, тот же образ, что и для бездисковой загрузки), с 2009 года сменили только одну флешку… вчера.

В основном посмотрите здесь: Red Hat Клуб — быстрый, но не подробный, лекбез
Есть документация на сайте Инвенты, но там на русский более-менее переведены доки 4-й версии redhat, но и их вполне хватает для понимания всех редхатоидов.