Объедение вы делаете не правильно.
Я бы делал так - получил во временные таблицы данные о телефонах и почте, а потом к справочнику Контрагентов левым соединением прикрепил бы эти две временные таблицы.
В сети есть видео курс Павла Чистова. Так же рекомендую официальное издание от 1С. В комплект входят учебные пособия и диск с платформой.
Успехов в изучении.
Необходимо сделать на стороне 1С веб-сервисы, которые принимают информацию о заказах и возвращают информацию о них. Таким образом, твой сайт на битриксе будет общаться с 1С.
Обрати внимание, что инициатором такого обмена должен быть битрикс.
А вы не думали взять 1С в аренду, которая будет расположена в облаке у поставщика услуг? В этом случае у вас не будет головной боли на счет железа, бекапов и всех необходимых лицензий.