kirigami2-dev | 5.68.0-0ubuntu2 | http://kz.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages
qt5-default | 5.12.8+dfsg-0ubuntu1 | http://kz.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=PyCharm Community Edition
Name[ru]=PyCharm Community Edition
Exec=/opt/jetbrains/pycharm-community/2021.3/bin/pycharm.sh
Icon=pycharm
Terminal=false
Type=Application
Categories=Development;IDE;Python;
Keywords=pycharm;community;python;ide
StartupWMClass=jetbrains-pycharm
X-Desktop-File-Install-Version=0.24
При этом на самом ярлыке (pycharm-community.desktop) иконка меняется, в зависимости от набора иконок. Но когда приложение запускается иконка остается стандартной.